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This work was supported by grants from the following entities: the Spanish ``Ministerio de Ciencia, Innovacion y Universidades'' regarding grant TIN2017-83132-C2 (corresponding to the project Analytical Applied Visualization,'' VIANA), grant PGC2018-094307-B-I00, the Cajal Blue Brain Project [the Spanish partner of the Blue Brain Project initiative from L'Ecole Polytechnique Federale de Lausanne (EPFL), Switzerland]; and the European Union's Horizon 2020 Framework Programme for Research and Innovation under the specific grant agreement No. 785907 (Human Brain Project SGA2) and the specific grant agreement No. 945539 (Human Brain Project SGA3).

Análisis de autorías institucional

Velasco, IAutor (correspondencia)Mata, SAutor o CoautorPastor, LAutor o CoautorBayona, SAutor o Coautor

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27 de septiembre de 2022
Publicaciones
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Artículo
Sí

Neuronize v2: Bridging the Gap Between Existing Proprietary Tools to Optimize Neuroscientific Workflows

Publicado en:Frontiers In Neuroanatomy. 14 (585793): 585793- - 2020-10-06 14(585793), DOI: 10.3389/fnana.2020.585793

Autores: Velasco, Ivan; Toharia, Pablo; Benavides-Piccione, Ruth; Fernaud-Espinosa, Isabel; Brito, Juan P; Mata, Susana; DeFelipe, Javier; Pastor, Luis; Bayona, Sofia

Afiliaciones

CSIC, Inst Cajal, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Ctr Invest Biomed Red Enfermedades Neurodegenerat, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Computat Simulat, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, Ctr Tecnol Biomed, Lab Cajal Circuitos Cort, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, ETSIINF, DATSI, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Politecn Madrid, ETSIINF, DLSIIS, Madrid, Spain - Autor o Coautor
Univ Rey Juan Carlos, Dept Comp Sci, Madrid, Spain - Autor o Coautor
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Resumen

Knowledge about neuron morphology is key to understanding brain structure and function. There are a variety of software tools that are used to segment and trace the neuron morphology. However, these tools usually utilize proprietary formats. This causes interoperability problems since the information extracted with one tool cannot be used in other tools. This article aims to improve neuronal reconstruction workflows by facilitating the interoperability between two of the most commonly used software tools-Neurolucida (NL) and Imaris (Filament Tracer). The new functionality has been included in an existing tool-Neuronize-giving rise to its second version. Neuronize v2 makes it possible to automatically use the data extracted with Imaris Filament Tracer to generate a tracing with dendritic spine information that can be read directly by NL. It also includes some other new features, such as the ability to unify and/or correct inaccurately-formed meshes (i.e., dendritic spines) and to calculate new metrics. This tool greatly facilitates the process of neuronal reconstruction, bridging the gap between existing proprietary tools to optimize neuroscientific workflows.

Palabras clave

3d morphological reconstructionAlgorithmArticleBrainCellsCerebrospinal fluidCorpus callosumData sharingDendriteDendritic spineGenetic recombinationGray matterHumanHuman prefrontal cortexImage processingImage reconstructionInsightsInteroperabilityMorphologyNeurologyNeuron morphologyNeuronal tracingPyramidal neuronsPyramidal structureSignal noise ratioSkeletonSpine meshesSpinesStructure activity relationWorkflow

Indicios de calidad

Impacto bibliométrico. Análisis de la aportación y canal de difusión

El trabajo ha sido publicado en la revista Frontiers In Neuroanatomy debido a la progresión y el buen impacto que ha alcanzado en los últimos años, según la agencia WoS (JCR), se ha convertido en una referencia en su campo. En el año de publicación del trabajo, 2020, se encontraba en la posición 1/21, consiguiendo con ello situarse como revista Q1 (Primer Cuartil), en la categoría Anatomy & Morphology. Destacable, igualmente, el hecho de que la Revista está posicionada por encima del Percentil 90.

Desde una perspectiva relativa, y atendiendo al indicador del impacto normalizado calculado a partir del Field Citation Ratio (FCR) de la fuente Dimensions, arroja un valor de: 1.4, lo que indica que, de manera comparada con trabajos en la misma disciplina y en el mismo año de publicación, lo ubica como trabajo citado por encima de la media. (fuente consultada: Dimensions Jul 2025)

De manera concreta y atendiendo a las diferentes agencias de indexación, el trabajo ha acumulado, hasta la fecha 2025-07-22, el siguiente número de citas:

  • WoS: 3
  • Scopus: 4
  • Europe PMC: 3

Impacto y visibilidad social

Desde la dimensión de Influencia o adopción social, y tomando como base las métricas asociadas a las menciones e interacciones proporcionadas por agencias especializadas en el cálculo de las denominadas “Métricas Alternativas o Sociales”, podemos destacar a fecha 2025-07-22:

  • El uso, desde el ámbito académico evidenciado por el indicador de la agencia Altmetric referido como agregaciones realizadas por el gestor bibliográfico personal Mendeley, nos da un total de: 19.
  • La utilización de esta aportación en marcadores, bifurcaciones de código, añadidos a listas de favoritos para una lectura recurrente, así como visualizaciones generales, indica que alguien está usando la publicación como base de su trabajo actual. Esto puede ser un indicador destacado de futuras citas más formales y académicas. Tal afirmación es avalada por el resultado del indicador “Capture” que arroja un total de: 19 (PlumX).

Con una intencionalidad más de divulgación y orientada a audiencias más generales podemos observar otras puntuaciones más globales como:

  • El Score total de Altmetric: 9.5.
  • El número de menciones en la red social X (antes Twitter): 2 (Altmetric).
  • El número de menciones en medios de comunicación: 1 (Altmetric).

Es fundamental presentar evidencias que respalden la plena alineación con los principios y directrices institucionales en torno a la Ciencia Abierta y la Conservación y Difusión del Patrimonio Intelectual. Un claro ejemplo de ello es:

  • El trabajo se ha enviado a una revista cuya política editorial permite la publicación en abierto Open Access.

Análisis de liderazgo de los autores institucionales

Existe un liderazgo significativo ya que algunos de los autores pertenecientes a la institución aparecen como primer o último firmante, se puede apreciar en el detalle: Primer Autor (Velasco González, Iván) y Último Autor (Bayona Beriso, Sofía).

el autor responsable de establecer las labores de correspondencia ha sido Velasco González, Iván.